Yarumal fue fundado el 29 de marzo de 1787 por Don Pedro Rodríguez de Zea, casi un siglo después la idea de construir un hospital, surge por Doña Manuela Vargas Tamayo, esposa de quien fuera luego el primer presidente de la junta Directiva, Don Faustino Rivera Villegas. El predio en el que sería construido el hospital, pertenecía a la Iglesia Católica, fue el Señor Obispo José Ignacio Montoya que el 12 de mayo de 1874, envió la notificación al presidente de la Sociedad Católica de Yarumal para entregar el solar a favor de una Casa de Beneficencia. El 3 de febrero de 1876 por Resolución Eclesiástica de quien fuera el cuarto Obispo de la Reciente Diócesis de Antioquia, Doctor Joaquín Guillermo González, se dio vida al actual Hospital Regional de Yarumal, idea que se gestaba entre los pobladores desde antes de 1870. 

La primera Junta Directiva del Hospital quedó conformada por Don Faustino Rivera Villegas como presidente; Sebastián Mejía Vicepresidente, el Presbítero Aldemar Palacio y el señor Ignacio Hernández Tesorero y contador respectivamente, Lázaro Rivera Secretario. 

El 8 de marzo de 1876 se instaló la Junta con la misión de allegar fondos para construir y establecer una Casa de Caridad en beneficio de los enfermos desvalidos. Seis meses después la Junta había logrado reunir un capital de dos mil pesos con ochenta centavos y consideró conveniente proceder a darle inversión acometiendo la construcción del edificio del Hospital. Los dineros no eran suficientes para lograr la culminación de tan anhelada empresa, pero el trabajo mancomunado de las organizaciones religiosas y seglares permitiría el incremento de los recursos. Especial optimismo se centró en el apoyo de la asociación del Sagrado Corazón de Jesús, que tenía existencia en la entonces aldea de Yarumal. 

El empeño en la construcción fue una verdadera odisea. No pocos fueron los obstáculos casi insalvables que la Junta Directiva debió sortear: desde las dificultades económicas que desde su nacimiento hasta hoy han caracterizado el Sector Salud en nuestro medio, hasta la “oposición sorda de la ignorancia y del egoísmo malicioso que censura y desacredita toda obra de utilidad pública”. Como lo testifica un manuscrito del libro de correspondencia en misiva dirigida a los Señores Vocales de la Administración Municipal. 

EL 16 de noviembre de 1888, la Administración Municipal, solicitó explicación de la tardanza para poner en funcionamiento el Hospital, ya que eran obvias las necesidades en salud y además el Honorable concejo Municipal había aprobado un auxilio de 100 pesos desde el 3 de agosto de 1886. El Hospital se inauguró oficialmente el primero de enero de 1889. Muy pronto el número de enfermos atendidos en las instalaciones se hizo grande con respecto a los recursos. Surgió entonces la primera dificultad financiera, por cuanto los gastos superaban a los ingresos aportados por los vecinos en unión al sentimiento de caridad. Para mayo de 1893, la Asociación del Sagrado Corazón de Jesús, hizo un llamado a la Junta Administrativa. Las dificultades económicas precisaban la primera amenaza de cierre hospitalario a una Institución con apenas cuatro años de servicios. 

Entrado el siglo XX, muy en sus labores, el crítico estado financiero hizo cambiar la actitud de los contemporáneos para aportar con su gesto humanitario un grano de arena en la salvación del Hospital. Fue así como algunos ciudadanos entregaron parte de sus fortunas o modificaron sus testamentos de última voluntad. 

En 1926 Monseñor Miguel Ángel Builes definió que el Hospital fuese manejado por la Comunidad Religiosa de Hermanitas de los Pobres de San Pedro Claver, el Obispo había logrado de la comunidad, la preparación de seis religiosas dispuestas a incorporarse sin otra remuneración que el orgullo de trabajar por la gloria de Dios y el bien de los enfermos. La presencia de las Hermanitas de los Pobres tenía un doble propósito para Monseñor Builes: primero, mantener la regencia eclesiástica en la asistencia de los enfermos, y segundo fortalecer la idea de crear en poco tiempo un orfelinato en su “amada Yarumal”. 

En el primer cuarto de siglo de servicios del Hospital, en 1914, la Institución reportaba 34 egresos por año, lo que le valía la honrosa posición 21 de los 46 hospitales del Departamento, diez años más tarde, los egresos se cuadriplicaron (120), escalando a la 10ª posición; para 1935 se reportaron 1294 egresos, fehaciente indicador de su aceptación por la comunidad y el vertiginoso crecimiento de sus servicios de hospitalización. 

Muy pronto la Junta Directiva se ocupó, con justificada razón de ampliar el edificio, para ello se propuso adquirir una casa ubicada en la calle Pombo, contigua a la parte posterior del Hospital, compra que fue autorizada por el contralor departamental en 1942. Posteriormente en 1968 se realizó permuta de un terreno aledaño y la cesión por parte de la Parroquia la Merced un lote de terreno de mayor extensión en la parte suburbana de Yarumal, donde actualmente funciona el Instituto Pío Doce, a su vez el Hospital transfería el Lote donde funcionaba el entonces Hospital San Juan de Dios ubicado en la calle 22. 

El acto de colocación de la primera piedra se realizó el 1 de noviembre de 1968 con la bendición del Presbítero Roberto Arroyave y la presencia del gobernador de Antioquia Jorge Pérez Romero. En 1969, se inició la nivelación del terreno y el movimiento de tierras para hacer la fundación material del nuevo edificio. Dicho terreno fue vendido por $33.600 a Empresas Públicas de Medellín, debido a que presentaba mala topografía y que no era apta para la construcción. El Hospital Regional fue construido por el Servicio Seccional de Salud de Antioquia dentro del programa del Plan Hospitalario, a un costo total de 15.000.000. El área construida fue de 6002 m2, en tres niveles, terminado el edificio en diciembre de 1974, no se dio al servicio por carencia de dotación, cuyo costo ascendía a la suma de 8 millones de pesos. El edificio permaneció abandonado mucho tiempo. Finalmente, el Doctor Óscar Montoya Montoya gobernador de Antioquia, lo dotó e inauguró el 22 de agosto de 1976, un siglo después de su original fundación por Monseñor González. 

Del nuevo Hospital, inaugurado como Hospital regional, fue su primer Director el Doctor Hernando Restrepo Osorio y su primer Jefe de atención Médica, el Doctor Eduardo Botero Cárdenas. El antiguo Local, que viera nacer al Hospital San Juan de Dios, luego de años de deterioro, pasó a ser de la Comunidad del Espíritu Santo y allí se estableció el actual Instituto Campesino de Orientación Femenina del Espíritu Santo. 

El Concejo Municipal de Yarumal, apoyado en las facultades que le confiere el Artículo 107 de la Constitución Nacional y la Ley 4 de 1913, por Acuerdo número 11 de abril 21 de 1985, determinó erigir al Hospital San Juan de Dios, como establecimiento Público del Orden Municipal. Aunque diferentes actos legislativos le otorguen su característica de Establecimiento público del Orden municipal, departamental o nacional, su Naturaleza Jurídica continúa bajo el orden no oficial por cuanto su origen eclesiástico, lo enmarca bajo el régimen privado. La Ley 10 de 1990 establece que solo las instituciones con suficiencia patrimonial, podrían ser privadas, por lo que, al carecer de suficiencia patrimonial, el Hospital San Juan de Dios de Yarumal, es una institución de Orden Público de Carácter Departamental.